葡萄牙的高等院校分为公立院校和私立院校。无论公立或私立院校，所设立的课程都得到教育部的承认，所授予的学位等同，所颁发的学位有学士、硕士和博士学位。但是相对私立院校，公立院校在教育质量保障和学费标准方面具有较大的优势。
从2006年起，葡萄牙开始进入博洛尼亚进程，实现了欧洲高等教育一体化、统一的学分制以及学士、硕士和博士三段式的高等教育体制。本科阶段一般为3年，完成3年的本科学习后继续学习2年可获得硕士学位，完成硕士学位后继续再学习3年可获得博士学位，即3+2+3的模式。法律专业的本科学制为4年。工程类、医学类专业不设学士学位，分别是5年制和6年制的硕士学位。
葡萄牙的高等教育体系为二元系统，即大学教育和理工教育，每个系统都有具体的学科理念以及不同的办学目的。大学教育可颁发学士、硕士、博士学位，理工教育只颁发学士和硕士学位。
葡萄牙知名高校列表：