葡萄牙的高等院校分為公立院校和私立院校。無論公立或私立院校，所設立的課程都得到教育部的承認，所授予的學位等同，所頒發的學位有學士、碩士和博士學位。但是相對私立院校，公立院校在教育質量保障和學費標准方面具有較大的優勢。
從2006年起，葡萄牙開始進入博洛尼亞進程，實現了歐洲高等教育一體化、統一的學分制以及學士、碩士和博士三段式的高等教育體制。本科階段一般為3年，完成3年的本科學習後繼續學習2年可獲得碩士學位，完成碩士學位後繼續再學習3年可獲得博士學位，即3+2+3的模式。法律專業的本科學制為4年。工程類、醫學類專業不設學士學位，分別是5年制和6年制的碩士學位。
葡萄牙的高等教育體系為二元系統，即大學教育和理工教育，每個系統都有具體的學科理念以及不同的辦學目的。大學教育可頒發學士、碩士、博士學位，理工教育只頒發學士和碩士學位。
葡萄牙知名高校列表：
- 科英布拉大學
- 裡斯本大學
- 布拉干薩理工大學
- 亞速爾群島大學
- 波爾圖大學
- 米尼奧大學
- 阿威羅大學
- 埃武拉大學
- 裡斯本技術大學
- 葡萄牙天主教大學