中國香港大學官網2月2日發佈公告稱，馬斐森教授已辭任校長一職，大學校務委員會將開展全球招聘遴選新校長的工作。這一突然的行為引起中國香港媒體議論紛紛。許多媒體猜測馬斐森教授辭職有可能是因為其他政治因素。然而根據馬斐森教授自身說法表示自己辭職是因為家庭原因。
在2月3日的馬斐森會上，馬斐森教授解釋稱，自己辭職是基於家庭原因，政治複雜性不是他辭職的主要原因，他同時否認自己在校委會受壓，或權力被架空。但中國香港傳媒普遍認為，馬斐森在短時間內提出離任，很大程度上和港大近年日益政治化有關。
有媒體稱，上任不足三年的馬斐森突然請辭，震撼了整個教育界。隨著政治入侵校園，港大校譽蒙污，教學水平下跌，連帶國際排名也拾級而下。 “洋校長可以拍拍屁股另謀高就，百年學府淪為爛攤子又有誰來拯救？”
現年57歲的馬斐森於2014年接替徐立之出任港大校長一職，其合約原本至2019年3月才完結。馬斐森在2日發給港大學生及教職員的電郵中宣布辭職，預計自己將於明年1月正式離開港大，赴愛丁堡大學擔任校長。他表示，蘇格蘭是他父親的家鄉，父親住在愛丁堡，他對愛丁堡有感情。這個決定他考慮了幾個月，亦多次同家人商量。他說，在校長任期未結束前便離職，並不是自己一貫做法，對此感到抱歉。
馬斐森的校長路較崎嶇，2014年4月1日正式接替徐立之出任港大校長，但他尚未踏入校門，已遭不少校內學者質疑。 “外國人當港大校長”對中國香港、中國及亞洲“無知”，不懂中文難與中國香港以至內地社會各界溝通是“無能”。報導指出，馬斐森上任時表示會維護中國香港核心價值，保衛學術自由及言論自由，直到同年10月中國香港發生“佔中”運動，他曾與中文大學校長沈祖堯到金鐘探望集會學生，呼籲學生保持和平理性，後來“佔中”演變成暴力衝突，馬斐森坦言感到失望。 2015年港大任命副校長風波中，馬斐森領導的物色委員會推薦法律學院前院長陳文敏出任學術及人事資源副校長，但被港大校委會否決。