中国香港大学官网2月2日发布公告称，马斐森教授已辞任校长一职，大学校务委员会将开展全球招聘遴选新校长的工作。这一突然的行为引起中国香港媒体议论纷纷。许多媒体猜测马斐森教授辞职有可能是因为其他政治因素。然而根据马斐森教授自身说法表示自己辞职是因为家庭原因。
在2月3日的马斐森会上，马斐森教授解释称，自己辞职是基于家庭原因，政治复杂性不是他辞职的主要原因，他同时否认自己在校委会受压，或权力被架空。但中国香港传媒普遍认为，马斐森在短时间内提出离任，很大程度上和港大近年日益政治化有关。
有媒体称，上任不足三年的马斐森突然请辞，震撼了整个教育界。随着政治入侵校园，港大校誉蒙污，教学水平下跌，连带国际排名也拾级而下。“洋校长可以拍拍屁股另谋高就，百年学府沦为烂摊子又有谁来拯救？”
现年57岁的马斐森于2014年接替徐立之出任港大校长一职，其合约原本至2019年3月才完结。马斐森在2日发给港大学生及教职员的电邮中宣布辞职，预计自己将于明年1月正式离开港大，赴爱丁堡大学担任校长。他表示，苏格兰是他父亲的家乡，父亲住在爱丁堡，他对爱丁堡有感情。这个决定他考虑了几个月，亦多次同家人商量。他说，在校长任期未结束前便离职，并不是自己一贯做法，对此感到抱歉。
马斐森的校长路较崎岖，2014年4月1日正式接替徐立之出任港大校长，但他尚未踏入校门，已遭不少校内学者质疑。“外国人当港大校长”对中国香港、中国及亚洲“无知”，不懂中文难与中国香港以至内地社会各界沟通是“无能”。 报道指出，马斐森上任时表示会维护中国香港核心价值，保卫学术自由及言论自由，直到同年10月中国香港发生“占中”运动，他曾与中文大学校长沈祖尧到金钟探望集会学生，呼吁学生保持和平理性，后来“占中”演变成暴力冲突，马斐森坦言感到失望。2015年港大任命副校长风波中，马斐森领导的物色委员会推荐法律学院前院长陈文敏出任学术及人事资源副校长，但被港大校委会否决。